В альтернативной реальности, напоминающей начало XX века, разгорается напряженное приключение вокруг загадочного артефакта — Летающего Камня. Этот могущественный объект оказывается в руках девочки по имени Сита. Именно он привлекает внимание не только агентов правительства, стремящихся заполучить такую ценность для своих тайнополитических целей, но и пиратов, вожделеющих богатства и власти, которые обещает Камень. События начинают развиваться стремительно.
Сита находит убежище в шахтерском городке, где знакомится с мальчиком Падзу. Он работает там и живет мечтой о небе и загадочном летающем острове Лапута, о котором рассказывал ему отец. Падзу, завидев Ситу, вмиг понимает, что история его отца обретает реальные очертания. Он решает помочь девочке не только сбежать от преследователей, но и разгадать тайну Летающего Камня. Вместе они обнаруживают, что Летающий Камень — это ключ к легендарному острову Лапута, который парит высоко в небесах. Возникает спасительная надежда: на острове можно обрести не только знания древних, но и технологии, способные изменить весь мир. Однако путь к Лапуте полон опасностей и загадок. Вслед за детьми устремляются не только власти, но и команда закаленных пиратов, которыми руководит решительная капитан Дола. На протяжении путешествия Сита и Падзу сталкиваются с множеством испытаний. Их ждет захватывающий полет на воздушном корабле, невероятные столкновения с противниками и неожиданные союзы.
Чтобы спасти Летающий Камень, который играет ключевую роль в их судьбе, друзья должны научиться доверять друг другу и проявить невероятную находчивость. Когда они наконец достигают Лапуты, перед ними открывается удивительный мир, полный древних механизмов и непостижимых знаний. Однако здесь их подстерегает новая угроза. Они обнаруживают, что Камень управляет огромным энергетическим источником, способным как создавать, так и уничтожать. Теперь на плечах Ситы и Падзу лежит ответственность не только за свою судьбу, но и за будущее мира. В финале история достигает эпической кульминации, где решаются судьбы героев, а также определяется будущее Лапуты и всех, кто стремился заполучить её тайны. Дети должны сделать сложный выбор, осознав, что истинная сила Камня заключается не в его магической мощи, а в способности объединять сердца и надежды.