Джейк Салли, бывший морпех, оказывается перед важной миссией: его отправляют на планету Пандора, где человечество стремится добыть ценный минерал унобтаниум. Это вещество может решить энергетические проблемы Земли и восстановить баланс на умирающей планете. Джейк был выбран для участия в проекте "Аватар" из-за генетической совместимости с программой. В рамках проекта он управляет аватаром — искусственно созданным телом, которое позволяет ему взаимодействовать с коренными жителями Пандоры, народом На'ви. На Пандоре Джейк входит в контакт с На'ви и знакомится с Нейтири, дочерью вождя племени Оматикайя.
Постепенно учась их культуре и ценностям, он проникается уважением к природе и гармонии, в которой живут На'ви. Джейк начинает ощущать себя частью их мира, всё меньше времени проводя в своём человеческом теле. Нейтири обучает его основам выживания на Пандоре, показывая, как взаимодействовать с её дикой природой и понимать язык джунглей. Постепенно Джейк понимает, что корпорация RDA, для которой он работает, преследует жестокие и безжалостные цели. Они готовы уничтожить всё живое на Пандоре ради получения минерала, и их действия угрожают дому На'ви. В процессе работы над проектом Джейк оказывается перед сложным выбором: служить людям, которым он когда-то дал присягу, или стать на защиту нового дома и его жителей. Когда корпорация переходит к активным действиям и готовит операцию по уничтожению "Священного Дерева" — сердца племени и всей их культуры, Джейк принимает решение встать на сторону На'ви.
Он объединяет усилия с местными жителями, организуя сопротивление против наступления землян. Джейк вместе с Нейтири и другими воинами На'ви проходят через решающее сражение, которое определяет судьбу Пандоры и её народа. Фильм кульминирует в эпичном бою, в котором решается судьба всей планеты и всех её обитателей. Джейк, преодолевший свои внутренние и внешние конфликты, находит своё истинное призвание и становится частью большого мира, который когда-то оказался для него чужим и недоступным. В финале он полностью переносит своё сознание в аватар и остаётся на Пандоре, чтобы жить среди На'ви и защищать их дом от возможных угроз извне.