Мегамозг, будучи гениальным ученым и изобретателем, прилетает на Землю с другой планеты в детстве. Его отличает синяя кожа и огромный интеллект, что сразу делает его чужаком среди людей. Вместе с ним на Землю попадает и его извечный противник — будущий герой Метро-Сити, Мачомен. Оба растут, принимая свои роли — Мачомен становится любимым защитником города, а Мегамозг решает стать суперзлодеем, осознавая, что именно эта роль ему уготована.
Спустя годы борьбы, их противостояние достигает своего пика, когда Мегамозг наконец побеждает Мачомена. Он использует устройство, способное уничтожить героя, и, к удивлению всех, ему это удается. Сначала Мегамозг радуется своей победе: теперь город полностью в его власти, и он, казалось бы, может делать все, что захочет. Однако, без своего вечного противника жизнь теряет смысл. Мегамозг начинает осознавать, что скучает по их бесконечным битвам и что его победа не принесла ему настоящего удовлетворения.
Оказавшись в состоянии депрессии, он решает создать нового героя, способного встать на защиту города и стать его новым противником. Для этого он использует образец ДНК Мачомена и создает героя по имени Титан. Но эксперимент идет не по плану: Титан, получивший сверхспособности, решает, что быть злодеем гораздо интереснее, и начинает разрушать город, не обращая внимания на попытки Мегамозга контролировать его. Мегамозг осознает свою ошибку и, неожиданно для самого себя, решает встать на защиту Метро-Сити.