Сюжет фильма "Ведьма 2" начинается с того, что таинственная организация похищает школьницу, чтобы провести на ней серию жестоких экспериментов в секретной лаборатории. Эти эксперименты должны превратить её в сверхчеловека, но планы злодеев неожиданно рушатся. Спустя некоторое время в лаборатории происходит непредвиденное ЧП, в результате которого одна из юных жертв экспериментов обретает свободу. Обладая невероятными способностями, она спасается и встречает местную жительницу, на которую нападают бандиты. Девочка использует свои силы, чтобы спасти женщину, и тем самым находит себе новую семью и убежище. Однако тайная организация, проводившая на девочке свои эксперименты, не собирается так просто отказаться от своего ценного "проекта". Они посылают своих лучших агентов на поиски беглянки.
В это время девочка старается адаптироваться к мирной жизни, параллельно обучаясь контролировать свои уникальные способности. Семья, приютившая её, оказывается втянута в опасное противостояние с организацией, не знающей преград в достижении своих мрачных целей. Ситуация накаляется, когда агенты все-таки обнаруживают местонахождение девочки. Ей вместе с новой семьёй предстоит вступить в ожесточённую схватку за свободу и право на нормальную жизнь. Каждая схватка становится всё более напряжённой, ставя под угрозу не только её новообретенных близких, но и весь город.