Сюжет комедийно-романтической дорамы "Мистер Планктон" начинается с истории о молодом человеке по имени Хэ Джо. В детстве он пережил немало трудностей, связанных с отсутствием любви. Его мать не хотела иметь сына, а отца он никогда не видел. Из-за этого Хэ Джо стал замкнутым и одиноким, чувствующим себя словно планктон в море человеческих отношений. Однако внутри него всегда жила мечта: вырваться из рутины и найти своё место в ярком будущем. Однажды судьба дарит ему возможность разобраться в своих корнях, и Хэ Джо отправляется в путешествие, которое обещает изменить его жизнь. В этот же период мы знакомимся с Чо Джэ Ми, девушкой, которая изо всех сил старается удержаться на плаву в сложном мире отношений. Её мечта о семье, казалось бы, начинает сбываться: она стала невестой О Хына, единственного сына богатой семьи. Однако не всё так просто.
Родители О Хына, не в восторге от выбора сына, вынуждены принять Джэ Ми, когда узнают, что она беременна. Она умело использует это обстоятельство, чтобы улучшить своё положение. Тем временем О Хын, находящийся под давлением семейной традиции, раскидывается между своими обязанностями и собственными желаниями. Будучи 18-м главой уважаемого рода, он ощущает себя потерянным в современном мире. Стремясь соответствовать ожиданиям семьи и быть рядом с Джэ Ми, он оказывается в ситуации, требующей от него принятия важных решений. Их история, полная интриг и неожиданных поворотов, разворачивается перед зрителем, погружая его в мир, где любовь и стремление к счастью сталкиваются с проблемами, которые приходят с ними.