Леон С. Кеннеди, опытный агент Министерства обороны, получает задание по спасению доктора Антонио Тейлора из рук неизвестных похитителей. Однако его миссия усложняется, когда на пути появляется загадочная женщина, которая, похоже, имеет свои причины для вмешательства. В то же время в Сан-Франциско агент B.S.A.A. Крис Редфилд сталкивается с поразительной вспышкой зомби. Горожан охватывает паника, но источник эпидемии остается неясным. Единственное, что связывает всех жертв — это их недавнее посещение печально известного тюрьмы-острова Алькатрас.
Крис понимает, что ключ к разгадке может находиться именно на этом острове, и решает собрать команду для опасного расследования. Прибыв на Алькатрас, они обнаруживают, что ужас, с которым им предстоит столкнуться, намного страшнее, чем все, к чему они были готовы. Тюрьма полна загадочных ловушек и зомби, а также тайн, которые могут пролить свет на истинное происхождение вируса. Времени почти не остается, и шансы на успех стремительно уменьшаются.
Тем временем, Леон продолжает следовать за следами похитителей. Его преследование приводит к неочевидным связям между похищением доктора Тейлора и событиями на Алькатрасе. Неожиданно пути Леона и Криса пересекаются, вынуждая их объединить усилия. В этом хаосе они понимают, что за всем происходящим стоит зловещая организация, чьи цели сопровождаются непредсказуемыми и опасными последствиями. Их ожидает борьба не только за жизнь доктора и жителей Сан-Франциско, но и за будущее человечества перед лицом новой угрозы.